До 1912 года все вопросы квартирного обеспечения войск были сосредоточены в Главном военно-инженерном управлении.
Русско-японская война, а также перспективы возможной европейской (1 Мировой войны) выдвинули на первый план вопросы военного оборудования и технической подготовки войск.
В связи с увеличением численного состава армии и расширением необоронительного военного строительства в 1912 году из бывшего Главного военно-инженерного управления было выделено, самостоятельное Главное управление по квартирному довольствию войск с Комитетом по устройству казарм.
В январе 1918 года в период зарождения Красной армии Главное управление по квартирному довольствию войск было переименовано в Главное квартирное управление.
В августе 1918 года Главное квартирное управление было включено в состав Главного военно-инженерного управления с переименованием его в отдел необоронительных сооружений и квартирного довольствия войск.
1 апреля 1924 года Отдел необоронительных сооружений Главного военно-инженерного управления был ликвидирован, вместо него создано Военно-строительное управление Рабоче-крестьянской Красной Армии, в котором были сосредоточены функции расквартирования войск, строительство, эксплуатация, топливоснабжение и обеспечение прочими видами квартирного довольствия.
В 1932 году Военно-строительное управление РККА реорганизуется, и создаются 2 управления:
Первое - Квартирно-эксплуатационное управление РККА с функцией заказчика по строительству обеспечению войск всеми видами квартирного довольствия;
Второе - Военно-строительное управление РККА, осуществляло функции подрядчика по необоронительному строительству.
В 1935 году они объединяются в Строительно-квартирное управление РККА, которое осуществляет функции по обеспечению войск квартирным довольствием.
В 1937 году Строительно-квартирное управление реорганизуется в два управления:
- Квартирно-эксплуатационное управление РККА;
- Главное военно-строительное управление при Совнаркоме Союза ССР.
Квартирно-эксплуатационное управление было включено в состав Главного интендантского управления Красной Армии.
В годы Великой Отечественной войны значительной реорганизации квартирно-эксплуатационной службы не осуществлялось.
В 1945 году Квартирно-эксплуатационное управление при СНК СССР реорганизуется и создается Главное строительно-квартирное управление Народного Комиссариата Обороны СССР (НКО СССР).
В1947 году Главное строительно-квартирное управление НК СССР реорганизуется в два управления:
- Квартирно-эксплуатационное управление Вооруженных Сил СССР;
- Главное строительное управление Вооруженных Сил СССР.
В целях улучшения общевойскового строительства и дальнейшего укрепления строительных организаций Вооруженных Сил, из состава Главного строительно-квартирного управления выделено квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ) и подчинено в качестве самостоятельного управления Начальнику Тыла Вооруженных Сил.
На Главное Строительное Управление ВС возложены функции подрядчика, а на КЭУ ВС - функции заказчика, с выполнением проектных работ по общевойсковому строительству ВС (в том числе и для собственного строительства Главвоенстроя). В военных округах упразднены должности Начальника строительства и расквартирования.
В целях повышения мобильности и автономности Военно-морского флота, приказом Министра Вооруженных сил СССР от 4.06.1949 г. Военно-Морские Силы с 01.10.1949 г. переведены на самостоятельное снабжение по квартирно-эксплуатационной службе.
В целях улучшения работы по обеспечению квартирным довольствием учреждений и военно-учебных заведений дислоцируемых в г. Москве директивой Генерального Штаба от 30 марта 1950 года, квартирно-эксплуатационный отдел г. Москвы реорганизован в Квартирно-эксплуатационное управление г. Москвы.
Приказом Министра обороны СССР от 23 апреля 1953 г. ликвидирована самостоятельная квартирная служба ВВС.
Во исполнение директивы Заместителя Министра обороны Василевского А.М. от 7 мая 1954 года с 1 декабря 1955 г. сформирована техническая лаборатория Квартирно-эксплуатационного управления МО.
В1955 году на КЭУ МО возложены обязанности по обеспечению специальным оборудованием капитального строительства МО.
Приказами Министра обороны СССР 1956 г. и 1957 г. на КЭУ МО возложено обеспечением квартирным довольствием частей ПВО ВМФ. В 1956 году приняты на квартирное довольствие военно-морские училища ВМФ, в связи с передачей из ВМФ в ВВС.
В соответствии с директивой Генерального Штаба от 25.05.1957 г. начиная с 1957/1958 учебного года подготовку офицеров квартирно- эксплуатационной службы проводить при Центральных курсах офицерского состава инженерных войск.
В соответствии с приказом Министра обороны СССР от 4 августа 1978 года и во исполнение директивы Генерального штаба от 15 декабря 1978 г. Квартирно-эксплуатационное управление Министерства обороны реорганизовано в Главное квартирно-эксплуатационное управление Министерства обороны (ГлавКЭУ Министерства обороны).
В соответствии с Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров Союза ССР от 6 марта 1958 г. и приказом М01985 г. об улучшении жилищных условий офицерского состава и военнослужащих сверхсрочной службы СА и ВМФ, директивой Генерального Штаба от 30 мая 1958 года.
Во исполнение директивы Министра обороны от 06.04.1959 г. в Центральном Военпроекте КЭУ МО была создана специальная проектная мастерская по проектированию складов горючего и ракетного топлива.
Директивой Заместителя Министра обороны СССР генерал-полковника Шебунина А.И. от 28.12.1960 г. в целях осуществления технического надзора за капитальным строительством, поставкой и монтажом оборудования на объектах общевойскового и специального строительства МО создан отдел инспектирования и поставки оборудования капитального строительства.
Во исполнение директивы Генерального Штаба от 24 января 1966 г., директивой Заместителя Министра обороны СССР по строительству и расквартированию войск 15 марта 1966 г. создан при КЭУ МО отдел лесного хозяйства.
В соответствии с директивой Генерального Штаба от 04.09.1966 г. директивой Заместителя МО по строительству и расквартированию войск от12/14 октября 1966 г. в целях укрепления контрольно-ревизионного аппарата, в Штат Квартирно-эксплуатационного управления МО введена инспекторская группа.
В соответствии с планом, утвержденным Министром обороны 16 декабря 1967 года и согласно директиве Генерального штаба от 29 декабря 1967 г. созданы: 11-й отдел (ремонтно-строительных организаций хозспособа), 12-й отдел (механизации и автотранспорта), а также группа труда и заработной платы рабочих и служащих.
В 1981 г. впервые введена должность Начальника Главного квартирно-эксплуатационного управления - заместитель начальника строительства и расквартирования войск МО СССР.
В 1998 году в состав Главного управления включена юридическая служба, должность помощника начальника Главного управления (по организации ритуальной службы), а также должность начальника медицинской службы.
В 1979 году КЭУ преобразовывается в Главное квартирно-эксплуатационное управление МО СССР, а с 1992 года, с образованием Российской армии, в Главное квартирно-эксплуатационное управление МО РФ.