В соответствии с приказом Военного Комитета Петроградской Трудовой Коммуны от 12 сентября 1918г. № 389 было создано Квартирное управление Комиссариата по военным делам Петроградской Трудовой Коммуны которое осталось от аппарата царской армии без изменений и на основании приказа Высшего Военного Совета от б сентября 1918г. № 71 было переименовано в Квартирное управление окружного комиссариата Петроградского военного округа, а в последующем и в Окружное квартирное управление Петроградского военного округа (приказ Реввоенсовета Республики от 28 декабря 1919г. № 2250).
В годы гражданской войны приказами войскам Петроградского военного округа от 11 февраля 1920г. № 179 и от 25 марта 1921г. N® 955/283 первоначально управление было переименовано в Строительно-квартирный отдел окружного военно-инженерного управление Петроградского военного округа, а затем в Строительно-квартирный отдел управления начальника инженеров округа.
С 1 февраля 1924 года Петроградский военный округ был переименован в Ленинградский военный округ и поэтому приказом войскам ЛенВО от 12 мая 1924г. №315 СКО УНИ ПетроградскогоВО также был переименован в Строительно-квартирный отдел управления снабжения Ленинградского военного округа.
После окончания гражданской войны директивой штаба Рабоче-Крестьянской Красной армии от 15 января 1931 г. № А- 8/20064 в Ленинградском военном округе был введен в штат управления округа Военно-строительный отдел управления начальника военно-хозяйственного снабжения, который был переформирован в два самостоятельных отдела с подчинением их командующему войсками округа:
- Военно-строительный отдел ЛенВО
- Квартирно-эксплуатационный отдел ЛенВО
(Приказ войскам ЛенВО от 15 мая 1932г. №027)
В результате объединения военно-строительного и квартирно-эксплуатационного отделов был сформирован Строительно-квартирный отдел округа (приказ НКО СССР от 22 ноября 1934 г. № 068) который также в последующем приказом НКО СССР от 16 августа 1937г. № 090 был реорганизован в два самостоятельных отдела.
В начале Второй мировой войны приказом командующего Северо-Западного фронта от 9 января 1940 г. № 001 был сформирован Квартирно-эксплуатационный отдел интендантского управления Северо-Западного фронта, а непосредственно в Великую Отечественную войну Управление ЛенВО было расформировано и обращено на укомплектование Полевого управления Ленинградского фронта (приказ НКО СССР от 21 сентября 1941 г. №0363).
По окончании Великой Отечественной войны Полевое управление Ленинградского фронта было расформировано и обращено на формирование Квартирно-эксплуатационного управления вновь образованного Ленинградского военного округа, поэтому для руководства вопросами строительства и расквартирования войск приказом войскам ЛенВО от 14 июля 1949 г. № 00200 в округе была введена должность помощник командующего войсками Ленинградского военного округа по строительству и расквартированию войск.
В период с 1949 по 1978 гг. структурных изменений в Управлении округа не проводилось.
В 1978 году в составе Квартирно-эксплуатационного управления округа приказом Министра обороны СССР 1978 г. № 0140 был образован Отдел капитального строительства.
С 1 мая 1998г. Управление Ленинградского военного округа переведено со штата № 2/686-51 на штат № 2/751-51 (директива Первого заместителя МО РФ от 11.12.1999 г. № 314/2/0830) в состав которого входит Квартирно-эксплуатационное управление округа.
В октябре 1979 г. директивой Заместителя Министра обороны по строительству и расквартированию войск от 6 сентября 1979 г. № 156/1/01196 была сформирована Алакурттинская квартирно-эксплуатационная часть с дислокацией в п. Алакуртти Мурманской области.
2 декабря 1991 г. из состава Южной группы войск (ЮГВ) передислоцирована Дебреценская КЭЧ, и в соответствии с директивой Министра обороны № 314/1/00460 от 19 марта 1991 г. переименована в Токсовскую КЭЧ с пунктом дислокации в п. Токсово Всеволожского района Ленинградской области.
30 апреля 1992 г. из состава Северной группы войск (СГВ) передислоцирована Борно-Сулиновская КЭЧ и переименована директивой ГШ ВС от 18 февраля 1992 г. № 314/9/184 в Каменскую КЭЧ с пунктом дислокации в п. Каменка Выборгского района Ленинградской области.
30 ноября 1992 г. из состава Западной группы войск (ЗГВ) прибыла Лейпцигская КЭЧ и переименована директивой Первого Заместителя Министра обороны от 11 августа 1992 г. №314/1/0771 в Лахденпохскую КЭЧ с пунктом дислокации в г. Лахденпохья Республика Карелия.
30 декабря 1993 г. в соответствии с директивой ГШ ВС от 23 ноября 1993 г. № 314/5/1428 создана Касимовская КЭЧ с дислокацией в п. Вартемяги Всеволожского района Ленинградской области.
1 февраля 1995 г. Левобережная КЭЧ директивой Заместителя Министра обороны по строительству и расквартированию войск от 6 января 1995 г. № 156/1/39 переименована в Санкт-Петербургскую КЭЧ.
1 июля 1996 г. из состава Московского военного округа была передислоцирована Николо-Урюпинская КЭЧ и директивой Заместителя Министра обороны по строительству и расквартированию войск от 13 ноября 1995 г. № 156/1/0117 была переименована в Гарболовскую КЭЧ с дислокацией в п. Гарболово Всеволожского района Ленинградской области.